Bár végül elismerték a kisgyermeket, János Zsigmond ot (1540—1571) uralkodónak, nem bíztak többé a magyarokban. 1541-ben a török hadsereg újra Magyarországra érkezett. A csecsemõkorú király és helyette uralkodó édesanyja, Izabella számos elõkelõvel együtt Budán tartózkodott. A vára alá érkezõ szultán — barátságot színlelve — ebédre hívta meg õket. Ám az ebéd végén sok magyar elõkelõt fogolyként vittek magukkal, akiknek többsége nem is szabadult ki soha többet. (A hagyomány szerint itt született a mondás: "hátravan még a fekete leves", vagyis: a baj még csak most jön. A törökök azzal tartóztatták az indulni akaró magyarokat, hogy várjanak, mert a kávé — a "fekete leves" — még nem készült el. Amikor felszolgálták az italt, elfogták a meglepett urakat. ) Miközben a magyar királyné és kísérete gyanútlanul a szultán sátrában idõzött, a török katonák, mintha csak nézelõdnének, besétáltak Buda várába. Egy jeladás után hirtelen valamennyien fegyvert ragadtak. A váratlan támadás ellen a védõk nem tudtak semmit tenni.
Erdély, a három részre szakadt ország keleti fele, a Bécs irányába nyomuló törökök számára abba a zónába esett, amelyben megelégedtek az adóztatással és a közvetett ellenőrzéssel. Így Magyarország keleti részéből létrejöhetett a külügyeiben ugyan a szultántól függő, de a belügyeit önállóan intéző Erdélyi Fejedelemség, amely lassan annyira megerősödött, hogy néhány kiemelkedő tehetségű fejedelme inkább tűnik szuverén európai uralkodónak, mint a szultán helytartójának. Az Erdélyi Fejedelemség a két nagyhatalom, a Habsburg és az Oszmán Birodalom közötti egyensúlyozásra kényszerült. A túlélés pillanatnyi parancsának, de időnként bizonyára önös érdekeiknek is engedelmeskedve, Erdély urai gyakran váltogatták szövetségeseiket. Kiemelkedő vezetőinek, Báthori Istvánnak, Bethlen Gábornak és I. Rákóczi Györgynek politikáját azonban mindvégig az a cél vezette, hogy az ország nyugati és keleti részének összefogásával a törököt kiűzzék, és újra egyesítsék az országot - ellenállva később a túlzott Habsburg befolyásnak is.
A szövetséges hadak ez után már nem álltak meg. A legnagyobb európai hadvezérek: Károly, lotaringiai herceg, Miksa Emánuel, bajor választófejedelem és Savoyai Jenő herceg vezetésével a század végére egész Magyarország területét megtisztították a töröktől. A tény, hogy a törökök végső kiűzésében a döntő szerepet már a császári seregek játszották, felerősítette a bécsi udvar már hosszabb ideje megmutatkozó abszolutisztikus törekvéseit. A diadalmas császár a felszabadított országrészeket meghódított tartományként kezelte. Az országgyűléstől kicsikarta, hogy a magyarok lemondjanak az Aranybulla óta garantált jogaikról: a szabad királyválasztás és a királlyal szembeni ellenállás jogairól. A visszahódított országrészeket, a régi birtokosok jogait mellőzve saját hívei között osztotta szét, és a pusztasággá vált országgal hadiadók formájában utólag fizettette meg a felszabadítás költségeit. Kontler László
A három részre szakadt Magyarország A mohácsi vész után a magyar trónért ketten versengtek. Az osztrák uralkodó, Ferdinánd arra hivatkozott, hogy II. Lajos apja, II. Ulászló neki ígérte a koronát, ha a fia utód nélkül hal meg. Ám a magyar nagyúr, Szapolyai János erdélyi vajda is király akart lenni. Azzal érvelt, hogy a nemesek húsz évvel korábban úgy döntöttek: ha kihal a Jagellók férfiága, csak magyar embert választanak meg a trónra. Végül mindketten megkoronáztatták magukat. I. János (1526—1540) és I. Ferdinánd (magyar király: 1527— 1564) egyaránt azt hirdették: az ország feletti uralom kizárólag saját joguk, s a másik csak bitorolja. A két király közötti versengés 1527-ben háborúvá vált. Ferdinánd zsoldosokat fogadott, és Szapolyai Jánost több csatában is legyõzte. Erdély ura nem tehetett mást, a szultántól kért támogatást. Ennek nagy ára volt. 1529-ben a segítségképp érkezõ török hadak újra végigpusztították az országot. A fõvárost, Budát átadták ugyan János királynak, de a legtöbb elfoglalt végvárat maguknak tartották meg.
Számításuk helyes volt, hiszen a szomszédos, a töröktől szintén fenyegetett Habsburg Birodalom érdekelt volt Magyarország felszabadításában, ezért a királyi kincstár - a Habsburg Birodalom más tartományaiból befolyt pénzeiből - folyamatosan óriási összegeket fordított a királyi Magyarország területén elhelyezkedő, mintegy 100 vár karbantartására és védőinek ellátására. Ugyanakkor a magyarok sokszor hiába várták a megígért császári segítséget véres csatáikhoz, hiszen az elsősorban nem a magyar, hanem a Habsburg-dinasztia nagyhatalmi érdekei szerint érkezett a magyar földre. A király és népe közötti békés viszony kialakulását megkönnyítette az is, hogy a Habsburgok a törökkel szemben maguk is rászorultak a magyarokra, ezért tiszteletben tartották a magyar alkotmányt. A magyar intézményrendszer csaknem teljes egészében érintetlen maradt az országgyűléstől a vármegyékig. Az országos főméltóságokat magyar főurak töltötték be, akik a váraikban gyakran szinte fejedelmi udvartartást vittek. A távoli, Bécsben székelő királyi hivatalok a belügyekbe alig szóltak bele, a magyar urak irányíthatták azt hagyományaiknak megfelelően.
Báthory soha nem tett le arról, hogy országát egyesítse a nyugati magyar területekkel. Tudta azonban, hogy ez egyhamar nem sikerülhet. Ezért Erdély megerõsítése végett más szövetségest keresett. Törekvése sikerrel járt, amikor megszerezte Lengyelország trónját. A mûvelt uralkodó emlékét a lengyel nemzet máig megõrizte. Báthory Erdélyt belülrõl is meg akarta erõsíteni. Hogy az adóbevételeket növelje, a székely népbõl igyekezett a szegényebbeket jobbággyá tenni. Intézkedése a székely nemzet körében nagy elkeseredést váltott ki. A fejedelem halála után a székelyek többször fegyverrel is szembeszálltak utódaival.